De bodem van de Spuikom herbergt een rijke fauna die slechts fragmentarisch is gekend. Vroeger was het water van de Spuikom brak maar bij de huidige hogere zoutgehaltes blijven veel organismen die typisch zijn voor lagere zoutgehaltes toch overeind. De universiteit Gent onderzocht ism VLIZ de bodemfauna. Dit moet bijdragen tot een betere kennis en dus een beter beheer van de natuurwaarden van de Spuikom.
Van de visfauna is relatief weinig gekend. Een visbestandsopname op de Spuikom in september 1998 door het Instituut voor Bosbouw en Wildbeheer (Van Thuyne & Belpaire 2000), leverde vooral veel paling op, maar ook soorten als brakwatergrondel, dikkopje, steenbolk, sprot, pladijs, zeebaars en puitaal.
De visrijkdom van het gebied, in combinatie met zijn ligging aan de kust en de weelde aan bodemorganismen, trekt op zijn beurt veel vogels aan. Het is één van de beste waarnemingsplaatsen in Vlaanderen voor duikers en futen. Bij strenge vorst vriest het brakke water moeilijk dicht en is het een aantrekkingspool voor heel wat eenden en zaagbekken. Zelfs vermoeide of met olie besmeurde zeevogels komen er af en toe wel eens aangeland om opnieuw op krachten te komen. Het talrijkst zijn de meeuwen, die op sommige avonden de Spuikom met tienduizenden als slaapplaats of voorverzamelplaats gebruiken. Steltlopers, zoals de steenloper, zie je nog steeds in kleine groepjes op de oevers. In het zomerhalfjaar zijn regelmatig tientallen Visdiefjes waar te nemen, vermoedelijk voor het grootste deel afkomstig van de nabije broedkolonies te Zeebrugge. Het grootste avifaunistische belang van de Spuikom wordt echter gevormd door vijf soorten. De bodemdieretende Brilduiker haalt hier de laatste jaren 10-20% van de Vlaamse winterpopulatie. De Dodaars - een kleine fuut die leeft van kleine kreeftachtigen en visjes en die het bijzonder naar zijn zin heeft in brakwaterplassen - scoorde even goed als de Brilduiker in de eerste helft van de jaren '80, maar boert nu achteruit. Ook de meerkoet doet het tegenwoordig minder goed. De grote groepen visetende Futen en Aalscholvers zijn misschien wel het spectaculairst en elk maken ze tot 5% uit van de Vlaamse overwinterende populatie.
Zie ook de presentaties van de spuikom studiedag; De Oostendse Spuikom:historiek, onderzoek en perspectieven van Vrijdag 8 december 2000 te Duin en Zee (Oostende)