IMIS

Publicaties | Instituten | Personen | Datasets | Projecten | Kaarten
[ meld een fout in dit record ] Print deze pagina
PPDB: Plankton-specific protein sequence database
Citeerbaar als data publicatie
Gutierrez, J.; Hablützel, P.I.; Flanders Marine Institute: Belgium; (2022): Plankton-specific protein sequence database. Marine Data Archive. https://doi.org/10.14284/573
Contact: Hablützel, Pascal ; Gutierrez, Jayson
Beschikbaarheid: Creative Commons License Deze dataset valt onder een Creative Commons Naamsvermelding 4.0 Internationaal-licentie.
Beschrijving
Plankton-specific protein sequence database suitable for profiling environmental metagenomic/metatranscriptomic samples meer

Each entry in this fasta file corresponds to a predicted protein sequence for prokaryotic/eukaryotic species. Sequences (2867766) have been taxonomically affiliated (NCBI taxID) and annotated against the UniRef90 database of protein families (clusters).
Scope
Thema's:
Biologie > Plankton
Kernwoorden:
, Eukaryota, Metagenomics, Plankton, Prokaryotae, Protein sequences, World Oceans
Geografische spreiding
World Oceans [Marine Regions]
Spreiding in de tijd
Vanaf 20 Juli 2022 [Afgelopen]
Niet relevant
Parameter
Totaal aantal sequenties in de databank
Bijdrage door
Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ), meer, data creator
Gutierrez, Jayson
Hablützel, Pascal
Publicatie
Beschrijft deze dataset
Gutiérrez, J.; Hablützel, P. (2022). A system-level view on the function of natural eukaryotic biomes through taxonomically resolved metabolic pathway profiling. bioRxiv Preprint: 1-23. https://dx.doi.org/10.1101/2022.07.27.501711, meer
Dataset status: Afgelopen
Data type: Data
Data oorsprong: Data collectie
Metadatarecord aangemaakt: 2022-08-02
Informatie laatst gewijzigd: 2022-08-22
Alle informatie in het Integrated Marine Information System (IMIS) valt onder het VLIZ Privacy beleid