The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes

Bowler, C.; Allen, A.E.; Badger, J.H.; Grimwood, J.; Jabbari, K.; Kuo, A.; Maheswari, U.; Martens, C.; Maumus, F.; Otillar, R.P.; Rayko, E.; Salamov, A.A.; Vandepoele, K.; Beszteri, B.; Gruber, A.; Heijde, M.; Katinka, M.; Mock, T.; Valentin, K.; Verret, F.; Berges, J.A.; Brownlee, C.; Cadoret, J.-P.; Chiovitti, A.; Choi, C.J.; Coesel, S.; De Martino, A.; Detter, J.C.; Durkin, C.; Falciatore, A.; Fournet, J.; Haruta, M.; Huysman, M.J.J.; Jenkins, B.D.; Jiroutova, K.; Jorgensen, R.E.; Joubert, Y.; Kaplan, A.; Kröger, N.; Kroth, P.G.; La Roche, J.; Lindquist, E.; Lommer, M.; Martin-Jézéquel, V.; Lopez, P.J.; Lucas, S.; Mangogna, M.; McGinnis, K.; Medlin, L.K.; Montsant, A.; Oudot-Le Secq, M.-P.; Napoli, C.; Obornik, M.; Parker, M.S.; Petit, J.-L.; Porcel, B.M.; Poulsen, N.; Robison, M.; Rychlewsk, L.; Rynearson, T.A.; Schmutz, J.; Shapiro, H.; Siaut, M.; Stanley, M.; Sussman, M.R.; Taylor, A.R.; Vardi, A.; von Dassow, P.; Vyverman, W.; Willis, A.; Wyrwicz, L.S.; Rokhsar, D.; Weissenbach, J.; Armbrust, E.V.; Green, B.R.; Van de Peer, Y.; Grigoriev, I.V.

VLAAMS INSTITUUT VOOR DE ZEE

MARIEN EN KUSTGEBONDEN ONDERZOEK & BELEID IN VLAANDEREN

Datacentrum

Data

Over het VMDC

Nieuws

- IMIS: Integrated Marine Information System -

log in

meld een fout in dit record

mandje (0): toevoegen | tonen

*The Phaeodactylum* genome reveals the evolutionary history of diatom genomes**
Bowler, C.; Allen, A.E.; Badger, J.H.; Grimwood, J.; Jabbari, K.; Kuo, A.; Maheswari, U.; Martens, C.; Maumus, F.; Otillar, R.P.; Rayko, E.; Salamov, A.A.; Vandepoele, K.; Beszteri, B.; Gruber, A.; Heijde, M.; Katinka, M.; Mock, T.; Valentin, K.; Verret, F.; Berges, J.A.; Brownlee, C.; Cadoret, J.-P.; Chiovitti, A.; Choi, C.J.; Coesel, S.; De Martino, A.; Detter, J.C.; Durkin, C.; Falciatore, A.; Fournet, J.; Haruta, M.; Huysman, M.J.J.; Jenkins, B.D.; Jiroutova, K.; Jorgensen, R.E.; Joubert, Y.; Kaplan, A.; Kröger, N.; Kroth, P.G.; La Roche, J.; Lindquist, E.; Lommer, M.; Martin-Jézéquel, V.; Lopez, P.J.; Lucas, S.; Mangogna, M.; McGinnis, K.; Medlin, L.K.; Montsant, A.; Oudot-Le Secq, M.-P.; Napoli, C.; Obornik, M.; Parker, M.S.; Petit, J.-L.; Porcel, B.M.; Poulsen, N.; Robison, M.; Rychlewsk, L.; Rynearson, T.A.; Schmutz, J.; Shapiro, H.; Siaut, M.; Stanley, M.; Sussman, M.R.; Taylor, A.R.; Vardi, A.; von Dassow, P.; Vyverman, W.; Willis, A.; Wyrwicz, L.S.; Rokhsar, D.; Weissenbach, J.; Armbrust, E.V.; Green, B.R.; Van de Peer, Y.; Grigoriev, I.V. (2008). The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes Nature (Lond.) 456(7219): 239-244. dx.doi:10.1038/nature07248
dx.doi:10.1038/nature07248
In: Nature: International Weekly Journal of Science. Nature Publishing Group: London. ISSN 0028-0836, meer

Beschikbaar in	Auteurs
VLIZ [140720] VLIZ: Open Repository 140721 [ OMA ]

Trefwoorden

Diatomeeën; Endosymbionts; Evolutie; Genetische diversiteit; Genomes; Marien milieu; Phaeodactylum tricornutum [WoRMS]; Thalassiosira pseudonana [WoRMS]; Marien

Auteurs		Top
Bowler, C., publicatielijst Allen, A.E., publicatielijst Badger, J.H., publicatielijst Grimwood, J., publicatielijst Jabbari, K., publicatielijst Kuo, A., publicatielijst Maheswari, U., publicatielijst Martens, C. publicatielijst, meer Maumus, F., publicatielijst Otillar, R.P., publicatielijst Rayko, E., publicatielijst Salamov, A.A., publicatielijst Vandepoele, K. publicatielijst, meer Beszteri, B., publicatielijst Gruber, A., publicatielijst Heijde, M., publicatielijst Katinka, M., publicatielijst Mock, T., publicatielijst Valentin, K., publicatielijst Verret, F., publicatielijst Berges, J.A., publicatielijst Brownlee, C. publicatielijst, meer Cadoret, J.-P., publicatielijst Chiovitti, A., publicatielijst Choi, C.J., publicatielijst Coesel, S., publicatielijst De Martino, A., publicatielijst Detter, J.C., publicatielijst Durkin, C., publicatielijst Falciatore, A., publicatielijst Fournet, J., publicatielijst Haruta, M., publicatielijst Huysman, M.J.J. publicatielijst, meer Jenkins, B.D., publicatielijst Jiroutova, K., publicatielijst Jorgensen, R.E., publicatielijst Joubert, Y., publicatielijst Kaplan, A., publicatielijst Kröger, N., publicatielijst	Kroth, P.G., publicatielijst La Roche, J., publicatielijst Lindquist, E., publicatielijst Lommer, M., publicatielijst Martin-Jézéquel, V., publicatielijst Lopez, P.J., publicatielijst Lucas, S., publicatielijst Mangogna, M., publicatielijst McGinnis, K., publicatielijst Medlin, L.K. publicatielijst, meer Montsant, A., publicatielijst Oudot-Le Secq, M.-P., publicatielijst Napoli, C., publicatielijst Obornik, M., publicatielijst Parker, M.S., publicatielijst Petit, J.-L., publicatielijst Porcel, B.M., publicatielijst Poulsen, N., publicatielijst Robison, M., publicatielijst Rychlewsk, L., publicatielijst Rynearson, T.A., publicatielijst Schmutz, J., publicatielijst Shapiro, H., publicatielijst Siaut, M., publicatielijst Stanley, M., publicatielijst Sussman, M.R., publicatielijst Taylor, A.R., publicatielijst Vardi, A., publicatielijst von Dassow, P., publicatielijst Vyverman, W. publicatielijst, meer Willis, A., publicatielijst Wyrwicz, L.S., publicatielijst Rokhsar, D., publicatielijst Weissenbach, J., publicatielijst Armbrust, E.V., publicatielijst Green, B.R., publicatielijst Van de Peer, Y. publicatielijst, meer Grigoriev, I.V., publicatielijst

Abstract

Diatoms are photosynthetic secondary endosymbionts found throughout marine and freshwater environments, and are believed to be responsible for around one-fifth of the primary productivity on Earth. The genome sequence of the marine centric diatom Thalassiosira pseudonana was recently reported, revealing a wealth of information about diatom biology. Here we report the complete genome sequence of the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum and compare it with that of T. pseudonan to clarify evolutionary origins, functional significance and ubiquity of these features throughout diatoms. In spite of the fact that the pennate and centric lineages have only been diverging for 90 million years, their genome structures are dramatically different and a substantial fraction of genes (~40%) are not shared by these representatives of the two lineages. Analysis of molecular divergence compared with yeasts and metazoans reveals rapid rates of gene diversification in diatoms. Contributing factors include selective gene family expansions, differential losses and gains of genes and introns, and differential mobilization of transposable elements. Most significantly, we document the presence of hundreds of genes from bacteria. More than 300 of these gene transfers are found in both diatoms, attesting to their ancient origins, and many are likely to provide novel possibilities for metabolite management and for perception of environmental signals. These findings go a long way towards explaining the incredible diversity and success of the diatoms in contemporary oceans.

Top | Auteurs

Vlaams Instituut voor de Zee
InnovOcean site
Wandelaarkaai 7
B-8400 OOSTENDE, België
Tel: +32 [0]59/34 21 30
Fax: +32 [0]59/34 21 31
Email: info@vliz.be